自然资产管理研究中心主要从事自然资源资产资本与产权市场的政策研究与咨询，开展自然资源管理、矿产资源有偿使用和税费政策方面的基础和应用研究，探索研究自然资源资产清查与价值评估、筹划矿业权管理与价值评估应用研究，开拓矿业权价值评估工作，为自然资源管理提供基础业务支撑和决策咨询服务。开展自然资源类财政拨款项目绩效评价的基础和应用研究等，为财政资金的宏观管理和领导干部自然资源资产离任审计提供基础础业务支撑和决策咨询服务。